- HIV e reservoir
- HIV and reservoir
- Bertoldi, Alessia <1990>
Subject
- MED/07 Microbiologia e microbiologia clinica
Description
- Il maggiore ostacolo all’eradicazione di HIV è la presenza del reservoir virale trascrizionalmente silente ma in grado di replicare e difficilmente accessibile alla terapia. Reservoir di piccole dimensioni correlano con una prognosi migliore e una minor probabilità di rebound virologico in caso di semplificazione di terapia. La quantificazione del reservoir risulta pertanto essenziale per valutare la reale efficacia della terapia. La quantificazione dell’HIV-DNA totale (circolare e integrato) rappresenta una metodica semplice e ampiamente utilizzata per analizzare il reservoir, nonostante ne sovrastimi le reali dimensioni includendo genomi defettivi. Pertanto, inizialmente abbiamo ottimizzato una metodica per la quantificazione delle forme circolari di HIV-DNA. La forma circolare 2-LTR è stata misurata con successo; ciò non è stato possibile per la forma 1-LTR a causa di omologie di sequenza con il DNA genomico. Come parte di uno studio attualmente in corso, sette pazienti sono stati arruolati alla diagnosi (T0) e seguiti con prelievi a 6(T1), 12(T2), 18(T3) e 24(T4) mesi dopo l’inizio della terapia. Dati preliminari ottenuti nel primo anno (T0,T1,T2) mostrano un andamento dell’HIV-DNA totale stabile nel tempo (P>0,1); analogamente, la forma 2-LTR non mostra aumenti significativi tra T0 e T1 (P>0,5). Tuttavia, a T0 è stata osservata una differenza statisticamente significativa tra l’HIV-DNA totale e la forma 2-LTR (P<0,05). La seconda parte dello studio si è focalizzata sul saggio TILDA, un metodo in grado di misurare esclusivamente virus competenti la replicazione. Abbiamo adattato questa metodica alle nostre condizioni sperimentali eseguendola su 3 pazienti HIV-positivi. Infine, considerando il costante aumento dei casi di infezione con sottotipi non-B e che il saggio TILDA è stato sviluppato principalmente per il sottotipo B, il protocollo è stato modificato in modo da rilevare il sottotipo C, il più diffuso a livello mondiale. In particolare, è stato eseguito con successo su 3 pazienti infetti con il sottotipo C.
- Persistence of transcriptionally silent but replication-competent HIV reservoir in resting CD4+T cells constitutes the major barrier to viral eradication. Small latent reservoirs are associated to a better prognosis and predictive of less likelihood to undergo virological rebound during simplified therapy. Therefore, the amount of HIV-DNA in latently infected cells is critical to evaluate the efficacy of available regimens and avoid the potential “re-seeding” in aviremic patients. Although the quantification of total HIV-DNA (circular and integrated) overestimates reservoir size because it includes not replication-competent genomes, it represents a simple and widely used biomarker reflecting global viral reservoir. Therefore, first we optimized PCR methods for detection of circular forms of HIV-DNA in HIV-positive patients. We successfully measured the 2-LTR form, but not the 1-LTR form due to homologies with genomic DNA sequence. As part of an ongoing project on HIV-DNA, we tested our in house assay on seven PBMCs samples of treatment-naïve patients collected at 0(T0), 6(T1), 12(T2), 18(T3) and 24(T4) months after starting ART. Preliminary data on T0,T1, and T2 time points showed that total HIV-DNA is stable during time (P>0,1); likewise, the amount of 2-LTR forms did not show significant differences between T0 and T1 time points (P>0,5). However, we observed a statistically significant difference between 2-LTR form and total HIV-DNA amounts at T0 (P<0,05). The second part of this study focused on TILDA, a method that detects only transcriptionally-competent proviruses. Hence, we adapted TILDA to our experimental conditions performing the modified assay in three long-term treated patients. Moreover, considering that the frequency of non-B subtype infections is constantly increasing and TILDA has been developed based on subtype B virus sequence, we modified the protocol to detect subtype C virus, the most prevalent subtype worldwide. We successfully perform the new version of TILDA in three patients harboring subtype C viruses.
Date
- 2019-04-12
Type
- Doctoral Thesis
- PeerReviewed
Format
- application/pdf
Identifier
urn:nbn:it:unibo-25283
Bertoldi, Alessia (2019) HIV e reservoir, [Dissertation thesis], Alma Mater Studiorum Università di Bologna. Dottorato di ricerca in Scienze biomediche e neuromotorie