- Identificazioni di nuove alterazioni genetiche nell'adenocarcinoma duttale pancreatico e nelle lesioni pre cancerose mediante tecnologia Whole Genome Sequencing e Oncoscan Array
- Identification of new genetic alterations in pancreatic ductal adenocarcinoma and precursor lesions by Whole Genome Sequencing and Oncoscan Array technology
- Durante, Sandra <1980>
Subject
- MED/06 Oncologia medica
Description
- L’Adenocarcinoma pancreatico (PDAC) è uno dei tumori più letali con un tasso di sopravvivenza a cinque anni di circa il 5%. Un certo miglioramento nell’outcome di questa neoplasia si è ottenuto con lo sviluppo delle terapie target e con l’introduzione di innovativi schemi chemioterapici, quali il FOLFIRINOX e l’associazione gemcitabina più Nab-Paclitaxel, ma la percentuale delle persone che ne beneficia è bassissima.Attualmente il cancro del pancreas non è ascrivibile al gruppo dei tumori meglio caratterizzati sotto il profilo biologico e, a dispetto delle numerose informazioni fornite dagli studi di caratterizzazione genetica della neoplasia condotti negli ultimi anni, non è ancora ad oggi ipotizzabile un risvolto clinico di tali conoscenze. Sulla base di queste premesse lo scopo di questo progetto è stato quello di analizzare alterazioni genetiche che caratterizzano l’eterogenità dell’adenocarcinoma pancreatico tramite sequenziamento massivo dell’esoma (WES) e analisi mediante tecnologia l’Oncoscan FFPE Assay, di campioni bioptici, tessuto fresco, e paraffinato provenienti da tumori pancreatici a diversi stadi di malattia (resecabili, localmente avanzati e metastatici). Quindi si è verificato o meno la correlazione di profili mutazionali con il diverso andamento clinico dei pazienti sottoposti al trattamento medico, chemioterapico o radio-chemioterapico integrato. In particolare questo progetto è stato condotto su circa 20 campioni in paraffina con metodologia Oncoscan Affymetrix FFPE per l’identificazione di copy number variation e su 30 campioni di tessuto fresco o bioptico con tecnologia WES per la ricerca di mutazioni puntiformi. Questo approccio integrato potrebbe permettere di avere un quadro biologico completo di tutte le alterazioni genetiche della malattia dalla lesione precancerosa al carcinoma metastatico per poter permettere di capire quale o quali sono gli eventi neoplastici che lo generano e poter quindi permettere uno studio farmacologico più mirato e più efficace.
- PDA is the fourth leading cause of cancer death, with a 5-years survival rate of 5% . Surgery remains the most effective treatment, but only 20% of patients are suitable for radical resection. Advances in chemotherapy, represented by FOLFIRINOX and by gemcitabine plus nab-paclitaxel regimens, have resulted in a modest outcome improvement..A thorough understanding of the genetic changes that will drive pancreatic carcinogenesis can lead to identification of biomarkers for early detection and targets for therapy. We used an approach with high resolution cytogenetic analysis Oncoscan Array and WES a bioinformatic, clinically-oriented interpretation of data to understand what are the most relevant pathways altered in precursor lesions and overt cancers to identify new therapeutic options for patients affected by PDA. In this study a total of 20 formalin fixed paraffin embedded samples from IPMN, profiled by Oncoscan and were analysed 30 fresh-frozen biopsies by WES . We identified in IPMN multiple copy number alterations and interestingly, differences were seen in the lesions at different stages, with 7 IPMN with low-intermediate dysplasia carrying a nearly normal karyotype and 13 IPMN with complex Karyotype (> 4 alterations), showing high grade dysplasia. A specific gain of chromosome arm 3q was found in IPMN with complex Karyotype (92%). This gain of 3q is particularly interesting for the presence of oncogenes such as PIK3CA, GATA2 and TERC that are part of pathways that deregulate cell growth and promote disease progression. In 30 sample analyzed with WES our results confirmed the high prevalence of KRAS, CDKN2A, TP53 and SMAD4 mutations. In particular, 93.7% of tumor samples exhibited somatic mutations acti¬vating KRAS and gene amplifications .The identification of these markers at an early stage of disease onset helps to identify patients at risk for cancer progression and new candidates for a more specific targeted therapy
Date
- 2020-03-26
Type
- Doctoral Thesis
- PeerReviewed
Format
- application/pdf
Identifier
urn:nbn:it:unibo-26166
Durante, Sandra (2020) Identificazioni di nuove alterazioni genetiche nell'adenocarcinoma duttale pancreatico e nelle lesioni pre cancerose mediante tecnologia Whole Genome Sequencing e Oncoscan Array, [Dissertation thesis], Alma Mater Studiorum Università di Bologna. Dottorato di ricerca in Oncologia, ematologia e patologia